在芽苗菜的生产过程中常因种子或环境问题而导致较为严重的烂种现象发生，成为芽苗菜生产的一个主要制限因子，据日本芽苗菜植物工厂的生产经验表明，可以通过间歇性的电功能水喷施来解决有关菌引起的腐烂问题，同时也可大大消除生产过程中产生的异味。并且在产量的提高及质量的保障上都有所改善，特别是豆类苗菜更为明显。

因现代的芽苗菜生产大多是在密闭的环境空间下进行，创造无菌环境显得极为重要。而芽苗菜生产的环境又特别适合各种真菌及细菌类的滋生，如果像传统的化学方法，也可做到无菌，但同时对环境及蔬菜的污染较大，不利于实现绿色无公害的生产，所以，电功能水的酸水与碱水都已成为工厂化芽苗菜生产中的一个重要技术手段，包括车间空间及设施工具的水消毒、种子的处理、及收获后芽菜包装前的预处理，都可结合酸水处理技术，可以有效地起到促进生长，抑制杂菌及提高保鲜度的目的。


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